В Балаклаве расположен один из самых древних православных храмов Крыма - храм Двенадцати апостолов.
Вот что писал в 1864 году епископ Симферопольский и Таврический Гермоген: «Еще в 1375 году в Балаклаве была построена церковь во имя Двенадцати апостолов. Настоящая же каменная церковь построена в 1794 году, но в Крымскую войну была повреждена неприятелем и потом возобновлена прихожанами и освящена 8 июля 1875 года во имя святого Николая Чудотворца».
В 1783 году после присоединения Крыма к России Балаклава представляла собой поселение Греческого батальона, вступившего в русскую армию. Кроме того, в русский период в Балаклаву увеличился приток и расселение русских, вследствие чего в городе образовалась новая община верующих. Церковь состояла в ведении главного священника армии и флота. В ней хранили знамена и другие реликвии Балаклавского греческого батальона. Когда в 1859 году упразднили греческий батальон, храм передали в епархиальное ведомство.
В 1861 году во время проведения работ по реконструкции церкви над ее входом обнаружили камень, скрытый под слоем штукатурки, надпись на котором гласила: «1357, в день сентября, начата эта постройка во время управления скромного мужа Симоне-де-Орто, консула и кастеляна». Такие каменные доски генуэзские мастера оставляли в построенных ими зданиях. По предположению исследователей, камень с надписью использовали вторично уже при возведении храма святых Двенадцати апостолов.
В 1917 году храм был закрыт. Значительно церковь была повреждена во время землетрясения в 1927 году. Во время Великой Отечественной войны 1941-1945 годах храм действовал, затем был повторно закрыт. В его помещении сначала располагался Дом пионеров, а затем клуб и ОСОАВИАХИМ. В 1990 году готовящееся под снос строение храма было передано Православной церкви, после чего начались работы по его восстановлению. Киевский архитектор Ю. Лосицкий разработал проект его восстановления.
Храм является уникальным памятником архитектуры XVIII века; по мнению многих специалистов, такой архитектурный тип не встречается в сооружениях Крыма или соседних с ним регионов и представляет собой замечательный образец русского классического стиля на территории Крыма. Здание имеет симметрично-осевую композицию и относится к числу одноглавых церквей. Здание относится к типу крестово-купольных церквей, вытянутых по оси восток-запад. Храм представляет собой четырехстолпную крестово-купольную постройку из бутового известняка. Западный вход оформлен портиком, состоящим из четырех колонн дорического ордера и треугольного фронтона, вытесанного из белого инкерманского известняка. Храм небольшой по объему, но, тем не менее, величественный. Внутри нет росписей, но в прежние века они, возможно, украшали его стены. Несущие колонны, тоже дорического ордера, устремленных вверх и создают впечатление величия.
Церковь была отреставрирована трудами архимандрита Августина и освящена вновь 13 июля 1991 года во имя святых Двенадцати апостолов. В настоящее время она является подворьем Инкерманского Свято-Климентовского монастыря. Здесь хранятся частицы мощей святых угодников - святого блаженного Василия, преподобного Сергия Радонежского и священномученика Климента Римского.