
Церковь Двенадцати апостолов на Пропастех находится на Десятинной улице, на территории исторического Загородского конца.
Согласно летописям, уже в 1230 году на этом месте была деревянная церковь, именовавшаяся - «у скудельни», или в «пропастех». В этом году по благословению Новгородского архиепископа Спиридона рядом с церковью была устроена скудельница - яма для погребения скончавшихся от голода и мора, разразившихся в 1230 году.

Деревянный храм не раз горел и перестраивался. В 1358 году первая и третья Новгородские летописи упоминают так же о каменной церкви, построенной на этом месте мастерами Андреем Захарьиным и Даниилом Козиным. Храм был больше современного почти в два раза. Летописные сведения несколько противоречивы, но, согласно имеющимся данным, можно предположить, что он разрушился до 1405 года.
В 1432 году по указанию Новгородского архиепископа Евфимия возводится деревянная церковь. Затем, в 1454 году закладывается и в течение года строится каменный храм, дошедший до наших дней.
В XVI веке в храме было сооружено перекрытие, разделившее его на два этажа: нижняя часть - подцерковье, верхняя - сама церковь. Тогда же была разобрана колокольня и западный притвор, кровля была перестроена в четырехскатную. В 1904 году, после пожара, кровлю сделали восьмискатной.
Церковь Двенадцати апостолов сильно пострадала в годы Великой Отечественной войны. Восстановлена и отреставрирована в 1949 году. Впоследствии, в 1957-1958 годах, церковь еще раз реставрировалась. Также в 2008 году на церкви была заменена и покрашена кровля и обшивка купола, реставрирован и побелен фасад, по периметру выполнена отмостка из булыжника.
В настоящее время церковь является музеем. Доступ во внутренние помещения закрыт.