Глава апостола Иакова Алфеева хранится в соборе апостола Марка в Венеции, частица мощей - в базилике святителя Николая Чудотворца в Бари.
В России также есть частица мощей апостола Иакова Алфеева. Она находится в церкви Ризоположения на Донской улице в Москве. Лобовая кость апостола Иакова Алфеева вставлена в икону апостола Иакова. Эта икона поступила в храм в 1857 году от нежинского грека К.А.Буба по благословению святителя Филарета, митрополита Московского.