Был основан в 1380 году святителем Стефаном Пермским в селе Усть-Вымь. Первоначально все храмы обители были деревянными. Первый каменный храм во имя святителя Стефана Пермского был построен в 1761 году.
Долгие годы обитель была духовно-просветительским и культурным центром. В течение двух столетий в Михайло-Архангельской обители была кафедра Пермских епископов.
В 1764 году в связи с введением монастырских штатов Михайло-Архангельский монастырь был закрыт. Все храмы обители стали приходскими. В этом качестве в 1806 году был отстроен в камне храм во имя Архистратига Божия Михаила.
Обитель была возобновлена в 1996 году по инициативе епископа Сыктывкарского и Воркутинского Питирима. В настоящее время в обители три храма, три часовни, домовая церковь в братском корпусе, трапезная и гостиница для паломников.