Когда настало время освящать церковь, святейший патриарх пригласил на торжество великого государя, которому так полюбилась местность, что он писал с дороги святейшему патриарху Никону своею рукою: «Господь Бог издревле предуготовал место сие на создание монастыря, ибо оно по красоте подобно Иерусалиму». С радостью прочитав это послание, святейший патриарх Никон положил его в кованом серебряном ковчежце под святым престолом и повелел по царскому писанию называть Воскресенский монастырь Новым Иерусалимом.
После того он послал келаря Живоначальной Троицы Сергиева монастыря старца Арсения Суханова в Палестину, в святой град Иерусалим для снятия подобия с иерусалимской великой церкви Воскресения, которую построила благоверная и христолюбивая святая царица Елена, мать святого царя Константина; тот келарь скоро прибыл в Иерусалим и исполнил порученное. По подобию иерусалимского храма святейший патриарх Никон повелел строить в Воскресенском монастыре весьма большую и просторную церковь, какой во всей России и окрестных государствах до сих пор не обретается, ибо и сама иерусалимская святая церковь от озлобления турков во многих местах разорена и исперепорчена другими не православными верами по их обычаям.
Не в долгом времени общий супостат, позавидовав великой любви между благочестивым царем и святейшим патриархом Никоном, воздвиг между ними раздор и распрю через неких злых людей; и когда случались праздничные дни, в которые полагается выход великого государя в соборную церковь и исхождение с литией, тогда благочестивый царь, подущаемый злыми ближними боярами, на те обычные исхождения не выходил. Святейший патриарх ожидал его, продолжая благовест, а благочестивый царь присылал к нему, повелевая себя не ждать, и так произошла между ними распря и разлад.
Святейший патриарх пожелал дать место гневу; в торжественный день, когда празднуют Положению ризы, или хитона, Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, в десятый день месяца июля, он оставил свой пастырский престол и архиерейский жезл в соборной церкви Пресвятой Богородицы, а благочестивому царю послал собственноручное послание, прося даровать ему келью. Благочестивый царь прислал к нему в соборную церковь своего ближнего боярина князя Алексея Никитича Трубецкого, ибо народ, видя такое необычное дело, рыдал и плакал и не выпускал патриарха из соборной церкви.
Ближний боярин, видя святейшего патриарха в черном клобуке и с простым посохом, сказал ему царево слово: «Почто ты просишься в келью? Есть у тебя кельи, тобою построенные, на патриаршем дворе». Он же отвечал: «Не мои те кельи, а кому государь благоволит, тому в них жить; меня же да соизволит государь отпустить в какой-либо монастырь». Боярин пошел к царю и скоро вернулся с тем же, добавив сие: «Великий государь велел спросить у тебя, святейшего патриарха, нет ли между вами какой ссоры или наговору на великого государя. Изволь возвестить». Святейший патриарх сказал: «Нету ни ссоры, ни наговоров на великого государя царя или на кого другого; оставляю свой престол, зная множество моих согрешений перед Богом. Из-за многих моих грехов здесь, в царствующем граде, были моры и войны и иное зло, потому я оставляю свой престол и первенство». И с тем боярин снова ушел к царю.
В это время благочестивые люди крепко держали церковные врата, не выпуская патриарха из церкви и ожидая царского пришествия, при том они много плакали, что лишаются такого великого пастыря и учителя. Святейший патриарх сидел на нижней ступени своего места посреди церкви, лицом к западным церковным дверям, и часто вставал, порываясь уйти, народ же не пускал его, плача; видя их слезы, он и сам прослезился. Снова пришли бояре с царским словом: «Великий государь велел тебе сказать: «Где ты изволишь, там и выбери себе монастырь и кельи». Тогда святейший патриарх поклонился и сказал: «Челом бью великому государю за его государеву милость» - и с теми словами вышел из соборной церкви. В то время на Ивановской площади была грязь, и святейший патриарх уже собирался сесть в приготовленную повозку, но люди, увидав это, разломали ее, разрезали супонь и выпрягли лошадь. Тогда святейший патриарх пошел через Ивановскую площадь по грязи пешком; ему подали карету, но он не сел в нее. Люди толпой шли за святейшим и, дойдя до кремлевских ворот, называемых Спасскими, заперли их, не давая ему выйти. Тогда патриарх сел в стенной нише, и тут многие плакали о нем, что оставляет их, как пастырь овец; когда же подошли царские сановники, ворота открыли.
Святейший патриарх встал и пеший пошел через Красную площадь и Ильинский перекресток до своего Воскресенского подворья, за ним шло множество народа, уговаривая его и плача. Придя на подворье, святейший патриарх вошел в свои кельи и, преподав благословение, отпустил всех с миром восвояси. Пробыв три дня и три ночи на подворье, он испросил себе в Новодевичьем монастыре две плетенные из прутьев киевские коляски и, положив в одну вещи, на другую сел сам и так поехал в свой Воскресенский монастырь.
Узнав, что святейший патриарх путешествует в простой коляске, благочестивый царь послал вслед за ним того же боярина князя Алексия Трубецкого с патриаршей каретой, но боярин, хотя и скоро отправился, не сумел нагнать патриарха и уже в Воскресенском монастыре объявил указ царского величества, дабы ему принять карету. Он же не принял, и боярин, взяв ту карету с собой, привез ее в монастырское село, называемое Чернево, где и оставил; и там эта карета стояла долгое время.

Святейший патриарх Никон надел железные вериги, предался молитве, посту и воздержанию и стал самолично надзирать за постройкой великой церкви и носить на руках своих и плечах кирпичи, как и вся братия того Воскресенского монастыря в работные дни. Окрест монастыря святейший патриарх начал копать пруды, разводить рыбу, устраивать мельницы и насаждать всякие огороды, а также рубил лес с братией, расширял поля для посева, рыл оросительные канавы, косил и сгребал сено и везде на всякой работе трудился, являя всем пример: на работу приходил прежде всех, уходил позже всех - и так жил, прилагая труды к трудам.
Благочестивый царь, слыша о его многих трудах и терпении, не раз присылал к нему с дарами, по тысяче и по две тысячи рублей, также присылал и на пищу братии, на трапезные нужды; и еще призрел царскою милостью, отдав на пропитание три большие обители патриаршей постройки: Пресвятой Богородицы Иверской, Крестный и Воскресенский монастыри, дабы он ими управлял и питался от земледельцев (а было их тогда за теми монастырями больше шести тысяч) всякими доходами и угодьями и строил оную великую церковь Божию, а царские оброки с тех монастырей и вотчин государь повелел ни в каких поборах не брать. К тому же всякий год благочестивый царь присылал ему с Камских соляных варниц по две тысячи рублей; так на серебро государевой милости и на свои доходы от новопостроенных обителей святейший патриарх возводил церковь Божию, наипаче же своими трудами во всем являя пример.
В скором времени по приходе святейшего патриарха в Воскресенский монастырь, по прошествии лета или около года, присылает к нему благочестивый государь своего ближнего человека возвестить, что иноплеменники, крымские татары, подходят к Российскому царству, а тебе-де, отцу нашему и богомольцу, от их нашествия в таком новом и пустынном месте, как Воскресенский монастырь (у которого и ограда была мала и не крепка), спастись и пересидеть невозможно, и чтоб изволил по совету благочестивого государя царя идти в Макариев Калязин монастырь, ибо тот монастырь давний и обнесен крепким каменным ограждением. Святейший патриарх так ответил боярину: «Возвести благочестивому царю, что я в Калязин монастырь не пойду, лучше мне быть в Зачатьевском монастыре, в Китай-городе в углу, нежели там; а есть у меня Божьей помощью и царскою милостью и без Калязина свои крепкие монастыри - Иверский и Крестный, и я, спросившись у великого государя, пойду в свой монастырь. А ныне возвести великому государю, что я иду в Москву говорить с ним о всяких своих нуждах». Посланный спросил, про какой это Зачатьевский монастырь святейший патриарх изволил говорить, что он лучше Калязина. На что святейший патриарх ответил: «Тот, что на Варварском перекрестке, под горой у Зачатия». А в том месте под горой была тогда большая тюрьма, и посланный ему возразил, что там большая тюрьма, а не монастырь. Святейший патриарх сказал: «Тот и есть Зачатьевский монастырь», и с этими словами и с благословением посланный отправился своей дорогой.
Святейший патриарх также не мешкая пустился в путь и направился в Москву; а в царствующем граде тогда готовились к осаде и строили на земляном валу деревянную стену. Святейший патриарх не замедлил и в тот же день был на своем Иверском подворье. Он послал к великому государю с известием, что-де пришел Никон ради неких важных надобностей и желает видеть его царские очи, а затем, подав мир и благословение, удалиться от нашествия иноплеменников, куда Господь управит и царское изволение.
Благочестивый царь в тот вечер не советовался с боярами и не изволил принять святейшего патриарха, а наутро было решено послать думского дьяка Алмаза Иванова к святейшему патриарху и спросить, ради каких важных надобностей он пришел. Святейший патриарх сказал дьяку: «Я тебе говорить о моих важных надобностях не стану и благословение посылать через тебя не хочу - то есть совершенное благословение с изображением креста и возложением руки». С этим словом посланный ушел, и в тот день великий государь также не изволил видеть святейшего патриарха. На третий день великий государь снова посылает того же человека с такими словами: «Великий государь благоволит тебе быть у него наверху сегодня вечером». А святейший патриарх со дня своего отъезда из Воскресенского монастыря уже третий день ничего не ел, так как не имел при себе съестного.

Московский народ, увидев своего пастыря, возрадовался; в те же дни было получено известие, что крымские татары отошли восвояси. К вечеру снова прибыл посланный, говоря, что время идти наверх к царю. Святейший патриарх направился по обычаю в верхние палаты, но благочестивый царь встретил его на переднем крыльце, и так они вошли. Святейший патриарх сотворил молитву «Владыко многомилостиве» и прочее по порядку, присовокупив прошение о царе и царице и о всем царском доме и воинстве, после чего они сели на малое время, ибо тут были и бояре, и мирно беседовали, спрашивая друг друга о здоровье и о душеспасительном пребывании, потом же отправились к благочестивой царице и чадам и там пробыли до четырех часов пополуночи.